Kegiatan pengamalan Thariqat Naqsyabandiyah ini merupakan aktivitas yang paling tua di lingkungan Pesantren Qomarul Hidayah, yaitu sejak masjid didirikan pada awal tahun 1900an.

Dzikir bersama yang diikuti oleh para anggota jamaah thariqat ini dilaksanakan sepekan 2 (dua) kali yaitu pada hari Selasa selepas shalat Dzuhur dan hari Jum’at selepas ibadah sholat Jum’at bertempat di dalam masjid. Sampai saat ini, jamaah Thariqat sebagian besar adalah kalangan bapak-bapak dan ibu-ibu dari masyarakat sekitar Pesantren. Kegiatan pengamalan dzikir Thariqat dipandu oleh Ustadz H. Saiful Mahbub, S.Sy.