Sejak tahun 2010, Pesantren Qomarul Hidayah mulai membuka program menghafal Al-Qur’an. Untuk sementara, program ini dikhususkan untuk santri putri. Pada akhir tahun, Madrasah Tahfidzil Qur’an secara rutin melaksanakan santri-santri yang telah selesai menghafal 30 juz Al-Qur’an (bil ghaib) . Madrasah Tahfidzil Qur’an dibawah pembinaan Ustadzah Riayatus Sarirah.

Disamping itu, Pesantren juga memberikan kesempatan kepada anak-anak untuk belajar pada Taman Pendidikan Al-Qur’an (TPQ). Kegiatan belajar mengajar pada TPQ di bawah bimbingan Ustadzah Bastiyatul Fuad dan dilaksanakan sore hari.