Panti Asuhan (Darul Aytam) di lingkungan Pondok Pesantren Qomarul Hidayah mulai dirintis pada tahun 1990an. Unit panti asuhan ini dirasakan mendesak untuk dibentuk dengan tujuan memberikan bantuan kepada anak-anak yatim dan anak-anak dari keluarga yang tidak mampu untuk melanjutkan jenjang pendidikan di lingkungan Pondok Pesantren Qomarul Hidayah.

Pada saat awal dibentuk, anak-anak panti asuhan yang memilih untuk tinggal di asrama ditempatkan bergabung dengan kamar-kamar santri-santri berada di pesantren. Dalam perkembangannya, saat ini anak-anak panti asuhan berjumlah 50 orang dengan asrama telah menggunakan gedung asrama dan musholla tersendiri. Unit panti asuhan, yang dikenal juga dengan Panti Asuhan Azzaitun Qomarul Hidayah ini, diasuh oleh Ustadz H. Izzuddin.

Disamping mengikuti berbagai kegiatan unit-unit pendidikan di lingkungan Pesantren, panti juga melakukan berbagai kegiatan di asrama/musholla antara lain: shalat malam (qiyamullail), kepramukaan, pendidikan membaca al-Qur’an, dan pengajian kitab-kitab ulama salaf (kitab kuning).